Установление общепринятых соглашений для наименования организмов было главным вкладом Линнея в систематику — его работа знаменует собой отправную точку последовательного использования биномиальной номенклатуры. Во время расширения естественнонаучных знаний 18 века Линней также разработал то, что стало известно как линнеевская таксономия; система научной классификации, которая в настоящее время широко используется в биологических науках.

В 10-м издании Systema Naturae были введены новые термины, в том числе млекопитающие и приматы, последний из которых заменит Антропоморфа, а также даст людям полный биномиал Homo sapiens. Новая классификация вызвала меньше критики, но многие историки-естествоиспытатели по-прежнему считали, что он низвел людей с их прежнего места правления природой и не является ее частью. Линней считал, что человек биологически принадлежит к животному царству и должен быть включен в него. В своей книге “Диета натуралис” он сказал: “Не следует вымещать свой гнев на животных, Теология утверждает, что у человека есть душа, а животные – всего лишь “механические автоматы”, но я полагаю, что им было бы лучше сообщить, что у животных есть душа и что разница заключается в благородстве”.

Линней добавил второй вид к роду Homo в Systema Naturae на основе рисунка и описания Якобуса Бонтиуса из публикации 1658 года: Homo troglodytes (“пещерный человек”) и опубликовал третий в 1771 году: Homo lar.

Шведский историк Гуннар Броберг утверждает, что новый вид людей, описанный Линнеем, на самом деле были обезьянами или коренными жителями, одетыми в шкуры чтобы напугать колониальных поселенцев, внешний вид которых был преувеличен в отчетах Линнею. Для Homo troglodytes Линней попросил Шведскую Ост-Индскую компанию поискать одного, но они не нашли никаких признаков его существования. Homo lar с тех пор был переклассифицирован в Hylobates lar, lar гиббон.